С 2004 года Фонд также реализует программу частичной компенсации ставки по кредитам (на величину действующей учётной ставки Национального банка; сейчас – 9%), которая выдаётся банками молодым семьям на строительство (реконструкцию) или покупку жилья.
На сегодня выдано около полторы тысячи таких кредитов. Фонд, отобравший в 2003 году 5 банков для реализации своей программы молодежного жилищного кредитования, а в 2004 году – еще 6 банков, весной 2005 года дополнительно выбрал для этой программы еще 12 банков.